Danes bodo ljudje, ki želijo dobaviti blago (ali premakniti ljudi), verjetno spoznali, da ni vedno smiselno držati se samo enega načina prevoza. Na primer, tovor se lahko prevaža z ladje na tovornjak, ki ga prenese na ladjo, iz katere se bo premaknila po državi z vlakom. Intermodalni prevoz je lahko učinkovitejši in cenejši; v nekaterih primerih pa ima izrazite pomanjkljivosti v smislu hitrosti in zanesljivosti.
Hitrost
Čeprav intermodalni prevoz ponuja relativno nizke stroške v primerjavi z drugimi metodami, to doseže z žrtvovanjem hitrosti; Kadarkoli se tovor prenese na sorazmerno počasnejši način prevoza, na primer vlake, ki delujejo na fiksnih tirnicah, ki morda ne ponujajo kot neposredna pot kot ceste, ki jih uporablja tovornjak, se upočasni. Za delovanje z največjo učinkovitostjo mora intermodalni prevoz prav tako zmanjšati čas, ki ga preživijo čakanja v skladiščih, da lahko prispejo novi prevozniki ali da se tovor raztovori.
Pomanjkanje zanesljivosti
Zaradi svoje odvisnosti od več kot enega načina prevoza je intermodalni prevoz prav tako podvržen nižji splošni zanesljivosti; z naraščanjem verige različnih načinov narašča tudi možnost, da se katera koli povezava v verigi poruši. To je še posebej problematično, kadar je eden od načinov prevoza železnica; železnice so bolj dovzetne za zamude zaradi slabega vremena ali okvare opreme. Zaradi tega, kot tudi skrbi glede hitrosti, je verjetno, da bodo vkrcevalci, ki potrebujejo zanesljiv in hitri prevoz, razmislili o intermodalnih sistemih.
Škoda
Vsakič, ko je treba premešati tovor, prevozniki tvegajo možnost škode, ker se tovor prevaža iz enega načina prevoza v drugega. Na srečo je to nevarnost mogoče ublažiti, vendar na splošno to pomeni, da je treba prepakirati z dodajanjem več opornih in zaščitnih materialov, kot bi se običajno štelo za zadostno. Ta dodana teža in stroški deloma preprečujejo prednosti intermodalnega prevoza v smislu energetske učinkovitosti in stroškov.
Visoki infrastrukturni stroški
Intermodalni tovorni promet tudi trpi zaradi razmeroma visokih infrastrukturnih stroškov. Kontejnerizacija je znižala stroške in težave pri prevozu blaga s standardizacijo njihove oblike; prevozniki lahko enako posodo z ladje na vlak enostavno premaknejo v tovornjak. Ravnanje s temi zabojniki pa zahteva, da imajo vkrcevalci težke žerjave in opremo, potrebno za manipuliranje z velikimi zabojniki; ta infrastruktura morda ne obstaja v vseh krajih, zlasti v državah v razvoju.
