Veliko podjetij uporablja računovodsko programsko opremo za avtomatizacijo rutinskih računovodskih nalog, za vzpostavitev kontrol in za izdelavo finančnih poročil. Z več paketov računovodske programske opreme na trgu, je ponavadi ena, ki se lahko ujema z večino potreb podjetja, ali je velika korporacija ali samostojni podjetnik. Medtem ko je računovodska programska oprema lahko varčevalo časa in pomaga ohranjati podatke, obstaja nekaj slabosti uporabe računovodske programske opreme.
Izguba podatkov ali storitve
Kadar je podjetje odvisno od računovodske programske opreme, lahko vsaka izguba storitve zaradi izpada napajanja ali računalnika povzroči motnjo pri delu. Motnje pri delu lahko preprečijo vnos novih informacij in preprečijo dostop do shranjenih podatkov. Poleg tega, če podatki niso pravilno varnostno kopirani, lahko izpad računalnika povzroči izgubljene finančne podatke.
Nepravilne informacije
Informacije v računovodskem sistemu so veljavne le kot informacije, ki se vnesejo v sistem. Ker večina računovodskih sistemov zahteva nekaj ročnega vnašanja podatkov, bi bili finančni rezultati napačni, če ne bi pregledali vseh vhodnih podatkov. Če obstaja težnja po pregledu samo končnih poročil ali izpisu računovodskega sistema, je težko najti napačne informacije.
Konfiguracija sistema
Vsako podjetje ima edinstvene vidike, ki lahko povzročijo težave, ko poskuša prilagoditi paket splošne računovodske programske opreme svojim potrebam. Prilagajanje je na voljo za številne programe, vendar lahko povzroči izpad in morebitne netočnosti, če se ne izvede pravilno. Tudi, ko podjetje raste, je morda treba spremeniti pakete računovodske programske opreme; to bi lahko povzročilo velike motnje, saj je treba informacije preseliti in za osebje je potrebno novo usposabljanje.
Stroški
Pomanjkljivost računovodske programske opreme so stroški. Poleg začetnih izdatkov za nakup programske opreme so stroški vzdrževanja, prilagajanja, usposabljanja in računalniške strojne opreme. Čeprav lahko prihranek časa upraviči stroške, lahko nekatera podjetja vzamejo leta, preden se naložba v računovodsko programsko opremo plača sama.
goljufije
Podatke, ki so shranjeni v elektronski obliki, je mogoče manipulirati in dostopati, če ustrezni nadzor in varnostni ukrepi niso vzpostavljeni. Stroge kontrole so potrebne, da se zagotovi, da samo pooblaščeno osebje uporablja računovodsko programsko opremo in ima dostop do poročil. Ker so lahko finančni podatki občutljivi in zaupni, uporaba računovodske programske opreme ustvarja možnosti za goljufije.