Organizacijska struktura narekuje, kako zaposleni in vodstvo komunicirajo znotraj agencije. Tako kot podjetja v zasebnem sektorju uporabljajo svoje organizacijske strukture za doseganje svojih ciljev produktivnosti in donosnosti, agencije v javnem sektorju zaposlujejo organizacijsko strukturo za izpolnitev svojih nalog za dobro vseh državljanov. Agencije javnega sektorja se opirajo na strogo opredelitev vlog znotraj organizacijske strukture za izvajanje svojih nalog.
Vertikalna struktura
Večina vladnih agencij na vseh ravneh uporablja vertikalno strukturo.Vertikalne organizacijske strukture so opredeljene tako, da imajo na vrhu vodjo direktorja ali oddelka, s številnimi srednjimi menedžerji in še bolj nižjimi položaji. Vodje oddelkov narekujejo operativne postopke, srednji vodje oblikujejo načrte za izvajanje teh postopkov, delavci na nižji ravni pa opravljajo zahtevane naloge. Medtem ko so različne veje vojaške službe glavni primeri vertikalne strukture, številne civilne agencije uporabljajo tudi to metodo.
Horizontalna struktura
Medtem ko se vertikalna struktura osredotoča na hierarhijo, horizontalna struktura uporablja bolj enakopravno nastavitev. Horizontalna struktura uporablja manj plasti med upravljanjem in delom in omogoča bolj odprto komunikacijo med temi sloji. Čeprav se na najvišjih ravneh vlade le redko pojavljajo, se horizontalna struktura pogosto uporablja v agencijah z manjšimi pristojnostmi, nižjimi proračuni in manj zaposlenimi. Direktor lokalnega zdravstvenega oddelka lahko na primer uporabi horizontalno strukturo za neposredno komuniciranje z inšpektorji in drugimi zaposlenimi, ne pa z uporabo srednjega menedžerja.
Struktura divizije
Sektorske strukture ločujejo zaposlene po poklicni posebnosti ali geografiji. Vsak oddelek nadzira lastne operacije z minimalnim vložkom drugih oddelkov. Na zvezni ravni na primer State Department obravnava zunanje zadeve. V okviru State Departmenta so delitve, ki obravnavajo zadeve, povezane z gospodarsko rastjo, političnimi zadevami, nadzorom orožja in človekovimi pravicami.
Matrična struktura
Matrična organizacijska struktura uporablja sistem, v katerem so odnosi med zaposlenimi in vodstvom vzpostavljeni kot mreža - ali matrika - namesto v konvencionalni hierarhiji. Struktura matrike omogoča agencijam, ki se prekrivajo, da komunicirajo med seboj, lahko pa tudi povzroči podvajanje prizadevanj. Direktorat za znanost in tehnologijo, oddelek Ministrstva za domovinsko varnost, na primer uporablja matrično strukturo za usklajevanje protiterorističnih prizadevanj.
